菌种的优劣是食用菌生产成败的关键。菌种是国家重要的生物资源，也是微生物工厂首要的生产资料。由于微生物繁殖快、易变异，因此微生物菌种特别需要妥善保藏。世界各国对微生物菌种都很重视。中国科学院微生物研究所专门设立了菌种的保藏机构，为各生产单位收藏和供应各种优良菌种。当然就具体的生产单位而言，大量的生产用菌种还得靠自己来生产和保藏。
菌种保藏的目的：是使优良菌种经过较长时间后，仍能保持菌种的优良性状、生活能力及纯度，降低菌种的衰亡速度，确保菌种的纯一，防止杂菌污染及绝种。
保藏菌种的方法：人们在长期的生产实践中，积累了不少保藏菌种的经验，常用的保藏方法有：斜面低温保藏法、液体石蜡保藏法、砂土管保藏法、滤纸片保藏法、谷粒保藏法等。常用保藏菌种的方法有以下几种：
（1）斜面低温保藏法这是最简单最普通的保藏方法。首先将菌种在适宜的斜面培养基（一般PDA）上培养成熟后，选择菌丝生长粗壮，边缘保存。一般保存温度4～6℃，除草菇和银耳菌种外（10～15℃），此方法对其他食用菌都适宜，一般菌种可保藏2～4个月，所以需定时移接。此法保藏虽然方便，但是保藏时间短，需经常转管，也很容易发生衰退变异现象。因此，不能用作长期保藏，最好与其他方法结合起来保藏。
另外，为了减少保藏期间培养基水分蒸发，琼脂最好加到2.5%。为防止菌种在保藏过程中产酸分的积累，应加入0.2%的磷酸氢二钾、磷酸二氢钾等缓冲盐类，同时，培养成熟后，最好将棉塞管口外剪平，并用矿蜡封或换以无菌木塞，这样做也可以减少培养基水分的散失，延长保存时间。
在农村如果没有冰箱，可采用土法保藏。即把保藏用的斜面菌种换上无菌橡皮塞，并用矿烛蜡封后密闭的广口瓶中，悬入井底保藏。（2）贮藏室保藏法原种和栽培种一般只在贮藏室短期保藏，贮藏室温度0～10℃为好。室内应清洁、干燥、无光，应经常检查温度和湿度，以降低其生活力，减少变异退化，防止杂菌污染，避免过早出菇。温度越高，保存的时间越短。